"Міністрові освіти… наказати, щоб вихователі й письменники провадили свою діяльність у дусі і згідно з цілями Уряду, ніяким чином не допускаючи ні на лекціях, ні в книжках та часописах жодних міркувань про можливість приєднання до Росії чужоземних слов’ян і взагалі ні про що, що належить до компетенції Уряду, ученим [наказати], щоб якомога обережніше висловлювали свої думки там, де справа йде про народність або мову України й інших підвладних Росії земель, не даючи переваги любові до рідного краю над любов’ю до батьківщини-імперії, відкидаючи все, що може цій любові шкодити, особливо – [думки] про вигадані теперішні злидні та про давнє нібито надзвичайно щасливе становище підвладних народів; щоб усі висновки учених і письменників ішли в напрямку піднесення не України, Польщі та інших окремих країв, а Російської Імперії в цілості народів, що її складають, щоб цензори звертали найпильнішу увагу особливо на московські, харківські та київські видання й на всі книжки, що писані в слов’янофільському дусі, не допускаючи в них тих півтемних і двозначних слів, яких у них аж надто повно і які, хоч і не мають у собі зловмисної мети, проте можуть приводити людей, що мають злі наміри, до думок про можливість самостійності та про давню свободу підвладних Росії народів".
Таким чином заходи російського уряду в справі збільшення натиску й впливу політичної адміністрації на шкільне виховання, науку й літературу, хоча й були скеровані передусім проти українства, але вийшли далеко поза його межі. Справа покараних українців набрала такого великого значення, що знайшла відгуки не тільки в самій Росії, але й далеко поза межами Імперії.
Заходи уряду до загальмування українського руху були безоглядні. Не тільки Шевченкові, але й Кулішеві, Костомарову й Гулакові заборонено літературну діяльність, а їхні легально видані твори міністр внутрішніх справ гр. Перовський, на внесок Орлова і з наказу царя, заборонив продавати й сконфіскував. "Необачні" цензори за те, що їх у свій час пропустили, дістали догану. Цензурні установи дістали від міністра освіти такі обіжники, що ними і українська література, і всяка українська культурно-наукова праця була цілком паралізована.
Університетську науку і шкільництво взагалі віддано під спеціальну опіку політичної адміністрації. Харківською шкільною округою, що обіймала Слобожанщину й Гетьманщину, і перед тим керував генерал-губернатор; тепер же й керування київською шкільною округою, що обіймала все Правобережжя, віддано в руки Бібікова. Обидва генерал-губернатори дістали спеціальні інструкції не допускати ні до яких проявів українського руху. Їм наказано було стежити за тим, чи не ходять і далі по руках твори Шевченка, "Книги битія українського народу" й інші "бунтарські твори", а також, чи українці не плекають "думок про давні вільності, гетьманщину та про права на окреме існування". Обидва царські намісники на Україні мали "звертати увагу на тих, що особливо займаються українськими древностями, історією і літературою", і "старатися припиняти в цій галузі наук всякі надужиття", але "найнепомітнішим і найобережнішим способом, без явних переслідувань і по змозі не дратуючи тубільців України".
Відгук справи в Росії
Голосною луною відбилася справа Шевченка й українських братчиків і в Петербурзі, і в Москві, і на Україні, і серед польської еміграції, і в органах закордонної преси, не оминула й дипломатичних кабінетів. Тим часом про українську змову кружляли фантастичні чутки. Граф Орлов був тієї думки, щоб із царського присуду над братчиками не робити таємниці й опублікувати його для того, щоб інших налякати, але цар не пристав на це, і громадська опінія почала живитися плітками, що в певних колах викликали симпатію до засуджених, в інших – обурення.
У чутках, що були відгуком оточеної таємницею української змови, Шевченко був центральною постаттю, головним її героєм. Оповідали про змову різно: одні переказували, що українські патріоти хотіли "викликати на Україні повстання, проголосити гетьманщину й зовсім відділитися від Росії", інші твердили, що змовники "проголошення гетьманщини хотіли зробити з дозволу імператора", треті, що всю справу вигадав Бібіков, щоб дістати за це нагороду… Останні дві версії були, як видно, менш розповсюджені, і публіка більше вірила першій. Чутки про наміри змовників викликати на Україні повстання зв’язували з ім’ям Шевченка.
Публічну опінію незабаром заінтригували поважні адміністративні зміни, що були наслідком виданих з приводу української змови урядових розпоряджень. Цар звільнив київського куратора ген. Траскіна. Московський куратор гр. С. Строганов, діставши від міністра освіти гр. С. Уварова цілу реакційну програму плекання виключно "руської" (в розумінні "московської") народности – плекання духу чисто російського патріотизму "без усякої домішки сучасних політичних ідей", а також особистий лист міністра з конкретними порадами, як цю програму здійснювати, обуривсь на Уварова, не виконав його розпоряджень, домагався даних про справу кирило-мефодіївців і закінчив свою відповідь Уварову тим, що "інструкції й писані накази так само не в силі керувати людськими думками, як і офіційні міністерські циркуляри". У результаті того конфлікту цей сміливий і незалежний державний діяч змушений був покинути свою посаду після того, як дістав від царя догану. Розпорядження виконав уже його наступник.
Коли Строганов зареаґував так з погляду ліберального, та намісник царя в Польщі князь Паскевич зареаґував інакше – з погляду реакційного. За згодою царя він фактично керував слов’янською політикою Росії, і тому його ввесь час тримали в курсі справи Кирило-Мефодіївського Товариства. Паскевич гостро розкритикував реферат гр. Уварова до царя про слов’янську справу. Будучи беззастережним прихильником точного виконання умов Священного Союзу, він обвинувачував Уварова в кокетуванні з західними слов’янами, що виявилося в поширенні науки слов’янознавства в російських університетах за часів міністрування Уварова, в подорожах російських учених і самого міністра до слов’янських земель, у їхніх розмовах із чеськими діячами. Паскевич навіть літературні взаємини з чужоземними слов’янами уважав за акт нелояльний до німецьких держав. Він висловився проти слов’янознавства в університетах і твердив, що воно розбуджує в Росії "провінціальні" сепаратизми, чому приклад дало Кирило-Мефодіївське Товариство.