Проте в Московії при дворі царя перемагає партія боярина В. Ордина–Нащокіна, який переконував, що в цей момент цареві вигідніше розпочати війну зі Швецією за завоювання прибалтійських територій, за вихід у Балтійське море і тому потрібно припинити війну з Польщею за Україну. Ця ідея переорієнтувала політику Москви.
Московський уряд іде на сепаратне перемир’я з Польщею, яке уклали в 1656 р. у Вільно без участі української сторони та в обхід її інтересів. Московське царство і Польща припиняли воєнні дії, поділивши між собою Україну. Ця нова зрада Москви викликала страшенне обурення Хмельницького. Він розумів, що втрачаються величезні історичні можливості, аби повністю звільнити Україну від чужоземного ярма. Гетьман розпочинає сам переговори із трансільванським князем Ракоці, який був союзником Швеції, надсилає йому війська для боротьби з Польщею, намагається встановити союз зі Швецією, щоб посилити антипольську коаліцію і довести до кінця справу визволення України.
Ґрунтовні дослідження сучасних українських істориків В. Смолія та В. Степанкова показують, що під час цих переговорів Хмельницький постійно наголошував на тому, що за українським урядом має бути визнана "вся Русь до Вісли". Проте Карл X не хотів визнати цих прав. І тоді козацький уряд припинив переговори зі шведами, доки король, як повідомляв шведський посол Г. Веллінг, "… не визнає за ними права на всю стару Україну, або Роксоланію, де є грецька віра та існує їхня мова, аж по Віслу". Пізніше Хмельницький знову наголошував, що бажає здобути "… всю країну між Віслою і тутешніми місцями… " і що цю територію вони нікому не віддадуть.
Отже, Хмельницький твердо й послідовно відстоював соборність України. Та царський уряд за ці переговори звинуватив гетьмана у зраді. Але хто зрадив тоді? Зрадив саме московський уряд, Москва зрадила своїм зобов’язанням щодо захисту українського народу від зовнішніх ворогів. Переяславсько–Московська угода 1654 року була фактично скасована Москвою. Хмельницький, отже, першим дістав титул зрадника від московських політиків, і цей титул потім ліпили чи не кожному гетьманові України, який не зрікався її державності, а в пізніші часи — чи не кожному українцеві, який не зрікався своєї національності.
Невдало перервані воєнні дії, зрада московського уряду потрясли старого гетьмана. Він тяжко захворів і 27 липня 1657 р. помер. Поховали його в родинному хуторі Суботові.
В історії України діяльність Хмельницького відіграла поворотну роль. Це стосується, зокрема, і Московсько–Переяславської угоди 1654 року, яка прив’язала Україну до історичного колеса Московської держави.
До нас ця угода в оригіналі не дійшла. Вона збереглась у численних списках і варіантах, які дісталися нам від московських посольських чиновників–дяків. Вони намагалися в тих документах провести ідею, важливу для московських владців, що нібито Україна з’єдналася з Московією. Проте, якщо уважно переглянути ті статті, перероблені вже в Москві, можна спостерегти, що Україна просила не про ліквідацію своєї держави, а просила тільки військової допомоги й укладала з царем військовий союз, зберігаючи повністю свою державну організацію — гетьманський уряд, армію, самобутній адміністративно–територіальний поділ тощо. Зберігалось самоврядування в містах разом із магдебурзьким правом, демократичний спосіб обрання управлінських органів — магістратів і ратуш.
Україну як незалежну державу визнавала Європа. Шведським король Густав IV писав до Хмельницького в 1654 р.: "Ми знаємо, що між великим князем московським і народом запорозьким зайшов певний договір, але такий, що залишив свободу народові цілою та непорушною". Австрійський посол від імені свого уряду вітав у 1654 р. Хмельницького та його радників, "що представляють цю славну і войовничу республіку". Україна укладає ряд рівноправних угод із європейськими державами. Сам Богдан вважав себе володарем України–Русі та заявляв польському послові Любовицькому в 1655 р.: "Я став володарем всієї Русі і не віддам її уже нікому". В усіх листах до іноземних повелителів Хмельницький використовував титули, прийняті при європейських дворах: "верховний правитель", "володар", а відповідно в листах іноземців до нього вживалися титули: "государ", "верховний владця", "гетьман з божої милості".
Іван Виговський, один зі сподвижників Хмельницького і його генеральний писар, так пояснював московським послам верховенство гетьмана Хмельницького в Україні: "Як цар у своїй землі, так гетьман у своєму краї — князь, або король". Таким чином, ще за життя Хмельницького його держава була визнаною у світі. Та московський уряд усе ж дивився на Україну як на свою новопридбану провінцію.
Справа полягала в тому, що далеко не вся Україна після Московсько–Переяславської угоди склала присягу на вірність московському самодержцю. Не присягнули полки: Кропив’янський, Полтавський, Гадяцький, Брацлавський. Не присягнула московському цареві й частина сподвижників Хмельницького, такі як Іван Богун, Іван Сірко, Йосип Глух, Філон Джалалій та ін. Не присягнуло й українське духовенство на чолі з митрополитом Косовим. Киян, як і переяславців, насильно гнали до церков для прийняття присяги. Коли до Києва прибуло три тисячі московських стрільців, московський воєвода розпочав будувати для себе біля Софійського собору фортецю, незважаючи на протести митрополита. Воєвода ж став погрожувати і митрополиту, і киянам розправою, забрав ключі від міста, тримав їх у себе — тобто поводився як завойовник у колонії. Проте всі в Україні добре знали, що Московсько–Переяславська угода не позбавила Україну її державного статусу, що вона зафіксувала союз України з Московією на добровільних засадах, оскільки Україна звільнялась від підлеглості Польщі. І навіть пізніше видатний український гетьман Пилип Орлик, укладаючи конституційний проект гетьманської України в 1710 р., наголошував у передмові до проекту, що гетьман Богдан Хмельницький "… цілком добровільно віддав і себе, і народ царству Московському, сподіваючись на те, що вони… дотримуватимуться своїх зобов’язань… скріплених присягою, і… збереже Військо Запорозьке і вільний народ руський… при непорушних правах законів та вольностей".