"Лист цей, висловлюючи таке живе співчуття Шевченкові, якому доведені злочинні наміри проти уряду, і взагалі людям, що поділяють його думки, дає привід до сильних підозрінь щодо неблагонадійності поглядів як кол. секретаря Левицького, так і магістра Головка".
Цар дозволив зробити у них трус і їх арештувати. Арештований 15 червня Левицький зробив спробу втопитися, скочивши до річки, коли його везли через міст, але його витягли з води живого. Головко, коли до нього прийшли жандарми, застрелився з револьвера. Результати зробленого в нещасливого ученого трусу, хоч і не дали ніяких сенсаційних матеріалів, однак виявили, що Головко був людиною ліберальною, був у зносинах із соціалістами, як от із недавно засланим членом гуртка Петрашевського Момбеллі, що особисто знав і високо ставив Шевченка. Залишався ще Левицький. Але по докладно й детально проведеному слідстві, перевіривши всі дані й зібравши відомості про Левицького й про всіх осіб, що могли накликати на себе підозріння, як його й Головка знайомі, жандарми переконалися, що Левицький ні до якого таємного товариства не належав.
Дубельт прийшов до висновку, "що нічого важливого тут не може бути і що покійний Головко, при своїх ліберальних переконаннях, щоб надати собі ваги в очах своїх земляків, оповідав їм про тисячу Шевченків, що існували лише в його уяві". Усі ті, хто знали Левицького, дали про нього якнайкращі свідчення. Сам Орлов особисто допитував Левицького й переконався, що Дубельт має рацію. 24 червня цар уже затвердив "доклад" гр. Орлова, в якому той визнав, що "вся ця справа, не маючи в собі нічого політичного, є тільки сплетінням усяких зовсім звичайних випадків, щоправда більш або менше злочинних, але не таких, щоб викликати побоювання щодо загальної безпеки".
Забране у Шевченка листування, крім листа Левицького [Листові Александрійського не надали значення лише тому, що канцелярія Обручева у складеному реєстрі залічила цей лист до категорії не вартих уваги], не давало ніяких даних ні проти нього, ні проти його інших кореспондентів. Викрило воно, правда, що є люди, які вживають заходів, щоб полегшити його долю (маляр Чернишов, Бутаков, кн. Репніна), але це були заходи легальні. Левицького цар наказав віддати під нагляд поліції, кн. Репніній на внесок Орлова дозволив написати, щоб вона "менше втручалася до справ Малоросії", а про самого Шевченка схвалив такий присуд:
"Повідомити Військового Міністра, що коли про рядового Шевченка, по слідстві, яке провадить військове начальство, нічого більше не буде викрито, досить буде вважати тримання згаданого рядового під арештом за достатню кару, суворо наказавши йому, щоб він ніяким чином не насмілювався порушувати Найвищого наказу, а на найближче начальство покласти обов’язок за виконуванням цього і взагалі за Шевченком пильно стежити".
Усі ці заходи запропонував цареві гр. Орлов. Микола І у справі Шевченка зайняв те становище, що "в цьому більше винне його (Шевченкове) начальство, що допускало до цього" – так він власноручно написав на "доклад" гр. Орлова проти місця, де було сказано, що Шевченко "ходив іноді в цивільному одязі". 27 червня цар через гр. Орлова наказав військовому міністрові відповідно покарати винних.
30 червня військове міністерство повідомило ген. Обручева про результати петербурзького слідства й про цитовані тут резолюції царя. Міністерство стверджувало, що забрані у Шевченка папери не виявили того, що Шевченко "тримається давніх переконань, або пише й малює на когось пасквілі". Обручев дістав це все десь по 10 липня, але, як уже знаємо, він іще в кінці червня, на підставі попередніх наказів із Петербургу, наказав заарештувати Шевченка. Результати проведеного в Орській (між 28 червня та 1 липня) слідства над Шевченком Чигир привіз до Оренбурґу й передав Обручеву 5 липня. На підставі слідства Обручев повідомив Петербург, що в тому, що Шевченко намалював "кілька гідрографічних видів" на Аральському морі, винен був майор Мєшков, командир 5 батальйону, бо він, висилаючи Шевченка до Раїму, не повідомив командира 4 батальйону в Раїмі про заборону малювати Шевченкові.
Обручев при цьому підкреслив, що малюнки робив Шевченко "для службової потреби капітана-лейтенанта Бутакова, якому доручений був опис берегів Аральського моря". Обручев додавав, що видав новий наказ про пильний нагляд над Шевченком і що тримає його під арештом, поки не надійде нове розпорядження військового міністра, а про ношення Шевченком цивільного одягу збирає ще відомості, після чого покарає кого слід і про це повідомить міністра. З огляду на те, що проведене Чигирем слідство нічого нового про Шевченка не виявило, військовий міністр 9 серпня, згідно з давнішою царською резолюцією, залічив поетові за кару відбутий арешт, потвердив ще раз царську заборону писати й малювати й наказав Обручеву перевести Шевченка до іншого "отдаленного" лінійного батальйону під найпильніший нагляд.
5 вересня Обручев дав відповідні розпорядження. Майор Мєшков дістав сувору догану. Комендант Орської фортеці Недобров допитував іще Шевченка про цивільний одяг (було це ще в кінці липня). Шевченко зізнав, що носив його лише в помешканні Ґерна, а більше нікуди ніколи в ньому не ходив. Недобров доносив Обручеву, що в Шевченка забрали й переховують у цойґгавзі два плащі – "ластиковий темно-вишневого кольору" і "драдедамовий горохового кольору й такі самі штани". Чіплялися ще довго з цим до Поспелова, якому Бутаков, від’їжджаючи, "здав свою команду". Поспелов у рапортах відрікався всього, кажучи, що Бутаков ніколи йому Шевченка не передавав, що ніякої потреби він у Шевченкові не мав і в цивільному одязі ніколи його не бачив. Закінчилася справа ухвалою Обручева всю вину за те, що Шевченко ходив у цивільному одязі, скласти на Бутакова, коли той не доведе, що передав Шевченка Поспелову. Про це писалося до 9 флотського екіпажу, де Бутаков служив, але ніхто, мабуть, і не збирався його допитувати або карати.
Те, що Шевченко малював приватно портрети, в тому числі й офіційних осіб, лишилося поза межами слідства, хоч донощик Ісаєв саме це мав на увазі. Не потвердилося й те, що Шевченко писав поезії, хоч він писав їх і хоч про це теж доніс Ісаєв. Свої захалявні книжечки Шевченко, на щастя, встиг іще перед трусом передати на збереження Ґернові.