Через таке становище по весні козацтво збиралося до кошів дуже мляво. У травні Головатий перейшов зі своїм кошем із Василькова на устя річки Березані; Чепіга ж був у дуже непевному становищі, бо вершників у квітні згуртувалося біля нього лише 130 і ледве до 10 травня зібралося 570 душ, решта ж ніяк не могла вирватись од панів. Тільки після нових наказів Потьомкіна губернаторам та справникам, наприкінці травня їх зібралося коло Чепіги біля 1000 душ, з якими він, з наказу Потьомкіна й під рукою Кутузова, почав наступати чатами на Бендери.
Випередивши відділ донських козаків та російську кінноту, що йшли поруч із чорноморцями, Чепіга неподалік Бендер, на перевозі через Дністер, натрапив на 3000 турків і зчепився з ними, сподіваючись негайної помочі від донців. Але допомога чомусь забарилася й тисячі чорноморців довелося п'ять годин битися з утричі дужчим ворогом. Козаки опинилися в скруті; у бою було поранено в плече навіть самого Чепігу. І тоді лише підійшли донці й драгуни, й турків було добре відсунуто.
Зважаючи на тяжку рану, Чепіга викликав із Березані Головатого й передав йому клейноди, Потьомкін же звелів усю чорноморську кінноту перевести на річку Березань, щоб Головатому зручніше було керувати військом.
До осені Чорноморське військо збільшилося, бо князь посилав визволяти козаків од поміщиків уже не козацьку старшину, а особливих чиновників-засідателів, і ті силоміць дещо зробили. До серпня під рукою Головатого перебувало 2000 вершників і 5000 піших.
Разом із тим Потьомкін вживав заходи й до того, щоб побільшити Чорноморське військо ще й за кошт задунайських запорожців, і першого вересня послав із старшиною Чорноморського війська Черновим до них листа, в якому умовляв запорожців перейти на руську сторону, погрожуючи, що коли не покаються й на цей раз, то звелить розправлятися з ними, як із злодіями й ворогами Хреста. Тільки його заходи не дали наслідків. Задунайці мали певні відомості через чорноморців, що повтікали до них, як про важкі роботи, до яких примушували запорожців російські генерали, так і про брак у чорноморців харчів та про невиплату жалування. В Туреччині вони не знали такого лиха і через те не хотіли зраджувати султанові, що доволі правдиво піклувався про них.
У серпні чорноморцям наказали з частиною їхнього війська, а саме: з трьома комонними полками та трьома пішими, всього 3000 козаків, взяти Хаджибей. Перед тому військові вів полковий осавул Кіндрат Табанець, який зовсім несподівано для ворогів наблизився до Кривої Балки, що за 7 верст од Хаджибея. З 11 на 12 вересня туди ж прибув і генерал де Рібас із російським військом і серед ночі вирядив два полки чорноморців та один батальйон російської піхоти на штурм фортеці. Хоч турки й оборонялися, але тут запорожці не мали майже ніяких втрат.
Після Хаджибея чорноморці брали діяльну участь в завоюванні Акермана, Паланки та в під'їзді до Кілії.
Захопивши берег Чорного моря, Потьомкін направив все своє військо на Бендери. Першого листопада чорноморці, кількістю 2298 козаків, були під містом, разом із Чепігою, що вже одужав од рани; Головатий же, випливши з моря Дністром на п'ятдесяти байдаках, наблизився теж до фортеці. Чорноморці були тут дуже корисні, й під час штурмів одбивалися доти, поки Головатий не заїхав із байдаками Дністром у саме місто, колишню Тягиню, яку запорожці не один раз добували ще за два з половиною століття досі, а як тільки чорноморці почали обстрілювати місто з байдаків — турецький паша відразу ж здався.
За участь у війні 1789 року кошовий отаман Чепіга отримав армійський чин бригадира, Головатий — полковника. Проте у внутрішньому житті війська справи стояли погано. Хоч Потьомкін і щиро піклувався про чорноморців, та підручні йому генерали не слухали його наказів: жалування козацькому війську задержували, сукна на одяг не давали, харчів теж не можна було в них допроситися, та найбільше ж дошкуляли запорожцям тяжкі роботи.
З наказу адмірала Воинова, запорожці змушені були витягти із дна лиману з потоплених суден гармати, ядра й інші речі. В липні, за повелінням самого Потьомкіна, кошовий вислав 500 чорноморських козаків до Херсона, щоб гнати відтіля плоти до устя річки Інгулу; Головатому ж князь наказав піднімати з козаками потоплені турецькі кораблі.
Чорноморці хоч і виконували ті роботи, але були дуже ображені тим, що їх повертають на робітників. У Херсоні козаки навіть зовсім покинули працю й почали розходитися так, що з 500 їх ледве втрималося на місці 300. З Коша вислали у Херсон новий полк козаків, але й той почав розбігатися. Кожен із російських генералів вимагав прислати йому на роботу чорноморців, неначе невольників, і ніхто не клопотався про те, щоб їх одягти, взути й нагодувати. Надосінь козаки не витримали голоду і стали тікати та шукати собі заробітків. Під той саме час російське військове начальство хотіло порушити запорозький устрій і загадало обрати сотників. Проти цього рішуче повстали всі курінні отамани й сказали, що коли у війську будуть обрані сотники, то вони всі зречуться своєї служби. Головатий хотів, було, покарати двох отаманів за непокору киями, та козаки вчинили справжній бунт, так що довелося ту новину відкласти надалі.
Після того піші козаки вирядили депутацію до Чепіги зі скаргою на Головатого, який не дбає про козаків, а вони босі, голі й цілий рік не дістають валування. Запорожці погрожували, що коли ще якийсь час не дістануть грошей, то подадуться на Дунай.
Чепіга не мав сили нічого вдіяти, й незадоволені козаки, зібравши раду, ухвалили скинути його з кошевства, та тільки, через військовий стан, не наважились того зробити без згоди Потьомкіна й послали йому листа, скаржачись на Чепігу, що той через старість та поранення не може до ладу керувати військом. Проте Потьомкін не звернув на прохання козаків ніякої уваги, й Чепіга лишився кошовим і надалі.
Треба гадати, що частина чорноморців таки перейшла за Дунай, проте друга частина, з дозволу Потьомкіна, почала виводити на нові завойовані землі між Бугом та Дністром свої сім'ї й осідати хатами. На зиму чорноморцям було загадано захищати кордони по Дністру, й Чепіга заклав військовий кіш у селі Слободзеі над Дністром, на 20 верств нижче Бендер.