Ця протилежність думок та вдачі гетьмана Мазепи та кошового отамана Гордієнка зробили їх ворогами, але треба гадати, що опріч різниці поглядів були ще якісь особисті причини ворогування Мазепи до Гордієнка, бо те ворогування, як ми побачимо, виявилось у перший же рік кошевства Гордієнка. Початок цієї ворожнечі треба шукати раніше. Починаючи з року 1688 запорожці, побачивши, як на гетьманщині старшина пригнітила поспільство, почали підбурювати селян Лубенського та Миргородського полків до повстання проти панів (старшини). Було кілька вибухів повстання і погромів навіть у маєтках самого Мазепи; треба гадати, що у тій агітації Гордієнко брав діяльну участь і нею він придбав собі як славу поміж українською людністю, так і зненависть з боку Мазепи.
Прийнявши року 1702 булаву кошового отамана, Гордієнко 23 жовтня того ж року послав царю Петру I листа з застереженням, що Військо Запорозьке не хоче мати московського города у Кам'яному Затоні. "Ще начальники московського війська, — писав він, — не збудували того города, а вже перевіз наш біля Кодака одняли і чинять нам всякі кривди та збитки: через те Військо Запорозьке наказу про збудування города у Кам'яному Затоні слухати не буде, ламати камінь на будівлю того города на землях Запорожжя не дозволить, а як хто прибуде з московськими людьми той город будувати, то запорожці будуть оружно на них бити". Під той час цар Петро I вже затягся у війну з шведами, запорожці були йому дуже потрібні і через те він змовчав Гордієнкові за його листа і навіть послав на Січ коштовні подарунки й жалування, звелівши боярину Протасову, що повіз ті подарунки, прийняти од запорожців присягу.
Вичитавши урочисто, як годилося за козацькими звичаями, царського листа серед козацької ради і, прийнявши царські подарунки, Гордієнко на пропозицію Протасова цілувати хрест на вірну службу цареві рішуче відповів, що Військо Запорозьке не буде присягати цареві через те, що московський уряд порушив вольності запорозькі, побудувавши городки по Самару і будуючи фортецю в Кам'яному Затоні, а що коли ті городки будуть поруйновані, так тоді Військо Запорозьке і присягу цареві складе.
Мазепа, почувши про те, яку одповідь дав Гордієнко царському посланцю, послав цареві доноса, запевняючи, що вся непокора запорожців пішла виключно через Гордієнка і що претензії запорожців на землю по Самару зовсім безпідставні, бо вони, мовляв, не мають на ті землі царської жалованої грамоти. Порадивши одночасно царю вжити проти запорожців рішучих заходів, Мазепа послав на Січ кількох своїх прибічників, щоб підмовляти й підмогоричувати запорожців, аби скинули Гордієнка з кошевства та щоб подбати про те, аби, як він казав, "того проклятого пса, Гордієнка, не стало", себто подбати про те, щоб Гордієнко був убитий.
Лукаві Мазепині заходи почасти вдалися: Гордієнко хоч і не був вбитий, та на роковій раді кошовим отаманом на 1703 рік запорожці обрали не його, а представника партії покірливих, прихильника Мазепи, Герасима Крису. З цього скористався російський уряд і раптом закінчив будування Кам'яного Затону. Проте вплив Гордієнка на запорожців скоро знову піднявся і з кінцем 1703 року товариство знову доручило йому отаманську булаву.
Ставши знову кошовим, Гордіенко почав силою підтримувати свої протести проти порушення запорозьких вольностей. Весною він вирядив з Січі на Самар 3.000 запорожців з наказом поруйнувати Самарські московські городки і вимести геть з Запорожжя всіх захожих поселенців, хто не належав до Війська Запорозького. Той виділ запорожців добув штурмом Новосергієвський городок, попалив околиці Новобогородського городка і захопив чимало коней та худоби, що були власністю московських людей, але самої Новобогородської кріпості не добув, бо не мав великих гармат. Покинувши її, запорожці пішли на Орель і зігнали з лівого берега всіх поселенців, що понаходили туди з Полтавщини, Харківщини і навіть з Московщини. Одночасно з тим Гордієнко почав утискувати росіян і у Кам'яному Затоні.
Хоч ці вчинки Гордієнка і були одверто ворожі до тодішнього російського уряду, а проте в них не можна вбачати заміру кошового стати на бік ворогів російської держави, бо у тому ж 1704 році 2.000 запорожців були при російському війську на Ладозі і в місяці червні брали участь в атакуванні шведів на Чорній Річці, біля Неви.
Року 1705 російський уряд, щоб забезпечити собі під час війни з шведами спокій з боку Туреччини, згодився на перемежування південних кордонів Запорожжя з татарськими землями. Гордієнко, стежачи за тим межуванням і побачивши, що представники царя не обстоюють непорушності запорозьких земель, протестував перед царем проти того, що запорозькі землі межуються без згоди і навіть участі запорозького коша і доводив, що од часів литовського князя Вітовта, межа з татарами починалася од Старого Очакова і йшла берегом моря та лиманом до самого устя Дніпра, "де урочище Сто Могил". "Та ще й море, — писав він, — було наше, поки з берега кінь діставав дно копитами; Дніпро ж завжди був запорозький і ніяких меж на ньому не було".
На протести Гордієнка російський уряд не звернув ніякої уваги і віддав татарам та туркам всі низи річок Інгула, Висуні та Інгульця, протягши межу од річки Бугу до устя річки Кам'янки у Дніпро. Запорозьке товариство не було дуже збентежене з того межування, бо не визнавало ніяких меж, а користувалось своїми землями до самих лиманів, як і раніше. Та не так спокійно глянув на цей вчинок російського уряду Гордієнко. Він тепер ще дужче упевнивсь у тому, що російський уряд, вимагаючи од запорожців кривавої служби на користь держави, зовсім не дбає про інтереси самого Запорожжя і може зрадити його повсякчас, коли з того, можливо, буде мати користь.
Роками 1706 та 1707 на Січі заходами Мазепи знову взяла гору партія поміркованої старшини, і кошовими отаманами були у ті роки Петро Сорочинський та Лукаш Тимофієнко. Кошевства їхні визначались тим, що на Січ приїздив з Дону, збираючись підняти проти московської влади оружне повстання, козак Булавін[8]. Він умовляв запорозький кіш подати йому помочі і виступити проти московського війська, поки більшість його на війні з шведами.