У російській та українській історіографії чимало зібралося літератури, де так чи інакше оцінюється отой Переяславсько–Московський договір на основі Березневих статей 1654 року. У ній подаються різні оцінки цього документа. Одні вважали, що це була унія України і Московії, інші висловлювали думку, що це був своєрідний васалітет, що Україна визнавалася васально залежною від Москви державою. Деякі історики вважали, що цей договір встановлював лише протекторат Росії над Україною. Так вважали, до речі, М. Грушевський, Д. Дорошенко, А. Яковлів, І. Крип’якевич та інші. Цієї ж думки дотримуються В. Смолій та В. Степанков, уточнюючи, що цей протекторат мав форму своєрідної конфедерації у вигляді номінального васалітету.
Деякі історики вважали, що Богданова Переяславська угода — це був мілітарний союз двох держав. Цю тезу підтримували В. Липинський, О. Оглоблин, І. Борщак, почасти А. Яковлів. Цей союз, вважали вони, був спрямований проти Польщі, мав деякі риси протекторату, подібні угоди Хмельницький укладав і з Кримом, і з Туреччиною.
Між іншим, Григорій Орлик, син гетьмана у вигнанні Пилипа Орлика, уже після Мазепи писав: "Хмельницький прийняв опіку московського царя для краю і нації з усіма правами для вільної нації. Але перфидія московського царя була причиною, що негайно після смерті Хмельницького права козацької нації почали порушуватись москалями".
Після смерті Хмельницького на передсмертне його бажання гетьманом був обраний менший син Богдана — юний Юрась Хмельницький. Його в народі ще називали Хмельниченком. Цей факт свідчив, що покійний великий гетьман вважав своє правління в Україні спадковим і жадав у такий спосіб закріпити верховну владу в своїй державі за своєю родиною — тобто в Україні мала встановитися династія гетьманів із роду Хмельницьких. Якби цій його думці вдалося закріпитися, в Українській державі встановилася би монархічна влада гетьманів, що з’єднала б історичним ланцюжком період історії з монархічним минулим українського народу в часи княжі — Київської та Галицької–Волинської держави.
Проте Юрко Хмельницький був нездатний самостійно гетьманувати через свою непідготовленість і хворобу. Та, певно, і козацька старшина не хотіла закріплення державної влади в руках якого б то не було самодержця. Бо кожен значний представник старшини волів бачити себе гетьманом України. Через короткий час Юрій зрікся гетьманської булави, і старшина обрала на його місце одного з найосвіченіших і найталановитіших сподвижників Богдана — Івана Виговського.
Це відбулося 26 серпня 1657 р. на козацькій раді, на яку прибули посли від Швеції, Польщі, Трансільванії, Волощини, Австрії, Туреччини, Криму. Деякі історики вважають, що Виговський був лише регентом молодого Юрія, та інші заперечують цю думку, доводячи, що він був повноправним гетьманом.
Іван Виговський гетьманував, проте, недовго (1657–1659). Він походив із заможної української шляхти Овруцького повіту Київського воєводства. Певний час керував справами Луцького земського суду, при польському комісарі був писарем. Під час битви на річці Жовті Води він був на боці поляків, потрапив у полон до татар, звідки його викупив Хмельницький. Іван Виговський як високоосвічена людина був при гетьмані Хмельницькому генеральним писарем. Коли ж його обрали на гетьманство, він розпочав утверджувати Україну серед європейських держав. Зокрема Виговський уклав союз зі Швецією, за яким вона визнала суверенну Україну і її право на землі аж до Вісли, де жив український народ. За цим договором до України від Литви відходили землі Берестейського і Новогрудського воєводств. Виговський знову встановив союз із Кримом і Туреччиною.
Та Польща домагалась повернення України, обіцяючи їй широку автономію. Зовнішньополітичні успіхи нового гетьмана дратували й московський уряд, який одразу використав козацьких старшин, що були невдоволені обранням Виговського. Насамперед виявляли опозицію гетьманові запорозькі козаки, які були ображені тим, що їх не запросили на козацьку раду, котра обирала гетьманом Виговського. Почали сипатись у Москву й доноси від кошового отамана Якова Барабаша та полтавського полковника Мартина Пушкаря, які самі були готові взяти гетьманську булаву. Вони звинувачували Виговського в польських симпатіях, у намірі продати Україну Польщі тощо.
Москва використовує цю ситуацію та вимагає скликання генеральної ради у Переяславі. Вона сподівалась, що на цій раді козаки провалять обрання гетьмана Виговського. До речі, на цю раду приїхав із Москви боярин Хитрово, довіренець царського уряду, який уміло протиставляв одних старшин іншим, розпалюючи між ними ворожнечу. Але козаки все ж одностайно підтвердили обрання гетьманом Виговського. Боярин Хитрово відразу ж поїхав у Полтаву та почав підбурювати полтавського полковника Мартина Пушкаря підняти повстання проти Виговського.
Після цього московський уряд розпочав урізувати державні права України. Він домігся згоди на введення своїх стрілецьких залог у найбільші міста України. Пушкар, зібравши чимало запорозьких козаків, наймитів та "гультяїв", підняв проти гетьмана повстання.
Але Виговський невдовзі зібрав сили і розгромив повстанців. В цій братовбивчій, спровокованій недругами війні загинуло дуже багато людей — близько 50 тис.
В Україні крім того, посилилася боротьба між різними групами козацьких старшин. Одні з них прихилялися до Польщі, бо їх лякав царський абсолютизм і його провокаційна політика щодо України. Інші почали опиратись на Москву, очікуючи від неї обіцяних пільг. Міщани й селяни також були вороже налаштовані щодо Польщі та орієнтувалися на православну Москву. Вони не бажали повернення панщини і духовного гніту, гадаючи, що Московія убезпечить їх від цієї біди і буде довічно дивитися спокійно на їхню волю. Іван Виговський, як і інші представники освіченої козацької старшини, бачили, що Московська держава з її централістичною самодержавною владою рано чи пізно намагатиметься підім’яти Україну, що вона вже тепер наводнює її своїми військами. Він почав схилятися до союзу з Польщею, яка, гадалося йому, дістала історичний урок і зрозуміла свої помилки щодо українства в цілому, а тому має бути поступливою до його вимог і потреб.