У 1931 р. євангелістську церкву засудили як "замасковану контрреволюційну куркульську організацію, яка дістає фінансову підтримку з-за кордону".
Але хоча усі релігії придушили, відних лишилися тільки якісь рештки, жодну фактично не поставили поза законом і повністю не зруйнували, за винятком двох національних церков України — Української автокефальної православної (УАПЦ) і Української католицької (УКЦ) церков. Прихильників останньої називають ще уніатами східного обряду. Ця церква користувалася впливом в основному в Західній Україні, яка тоді перебувала лід Польщею; її не загнали в підпілля аж до приєднання цього терену до СРСР.
Українська православна церква, очолювана "митрополитом Київським та всея Русі", традиційно підтримувала зв'язки з патріархом Константинопольським. У 1685–1686 рр. її підпорядкували Московському патріархові, щоправда, на засадах автономії, зберігши за нею право обирати власного митрополита. В 1 721 р. навіть статус митрополита було понижено до архієпископського. Пізніше (протягом XVIII ст.) русифікували український обряд, зобов'язавши священиків служити церковнослов'янську літургію на російський взірець, вводилися навіть російські облачення.
У наступні часи почуття образи, викликаної цією наругою, не згасало. Як відомо, з піднесенням українського національного руху українські православні семінарії у Києві та Полтаві стали "розсадниками національної агітації" ще задовго до революції.
У 1917–1918 рр. велика частина Української православної церкви, підтримана Центральною Радою, відокремилася від Московського патріархату, відновивши Українську автокефальну церкву, яка почала провадити богослужіння українською мовою.
У жовтні 1921 р. вона провела свій перший Собор у Києві, на якому були представлені як духівництво, так і миряни, причому серед останніх було чимало провідних учених, письменників, композиторів та інших представників української інтелігенції. Спочатку власті переслідували автокефальну церкву не більше, ніж інші релігійні організації, навіть певним чином заохочували, з наміром послабити російську церкву. Але ситуація невдовзі змінилася.
У таємній директиві ОДПУ, датованій жовтнем 1924 р., зверталася увага на "постійне зростання впливу" УАПЦ, стверджувалося, що її митрополит Василь Липківський та його прибічники "давно вже відомі" як "таємні пропагандисти українського самостійництва". Місцевих працівників ОДПУ попереджали, що це "особливо небезпечно для радянського ладу", їх зобов'язали вжити необхідних заходів, серед яких мало бути "збільшення кількості таємних інформаторів серед віруючих і вербування самих священиків для таємної служби в ОДПУ".
У 1925 р. робилися спроби розколоти автокефальну церкву, але вони закінчилися повним провалом, і вже наприкінці наступного року УАПЦ мала 32 єпископи, близько 3000 священиків і майже 6 мли віруючих.
Але невдовзі церкві було завдано першого удару. На початку серпня 1926 р. заарештували митрополита Липківського. У жовтні 1927 р. влада добилася його усунення на церковному соборі, куди митрополита доставили під охороною. Після того як він відмовився залишити свою посаду, а більшість делегатів відмовилися примусити його до цього, багатьох із них було заарештовано. Але й після цього одержати необхідної кількості голосів не вдалося. Врешті-решт зусиллями властей було підроблено протокол Собору і в результаті з'явилося рішення про "звільнення" митрополита з посади "у зв'язку з похилим віком".
Його наступник — Микола Борецький — на спеціальних зборах, скликаних ДПУ 28–29 січня 1930 р., був змушений підписати документ про розпуск церкви. Але протести з-за кордону, очевидно, вплинули певною мірою на затримку здійснення цього рішення, і на іншому Соборі, що відбувся 9-12 грудня 1930 р., було обрано нового митрополита. Ним став Іван Павлівський. Однак можливостей для проведення якоїсь організованої діяльності вже не залишалося. Уцілілим 300 парафіям дозволили відновити свою діяльність у рамках Української православної церкви, але ненадовго. Останню парафію розпущено на початку 1936 р.
На процесі "Спілки визволення України" в 1930 р. її учасники звинувачувалися в організації своїх осередків в УАПЦ, а ієрархів останньої звинуватили у "співучасті". Із 45 обвинувачених на процесі було понад 20 священиків. Одним з найголовніших "змовників" уважався Володимир Чехівський, колишній член ЦК Української соціал-демократичної партії, який залишив політичну діяльність заради богослов'я і став визначним діячем УАПЦ, хоча й відмовився від посади єпископа.
"Церковна група" учасників змови, за офіційною версією, наказувала священикам вести агітацію серед селян проти радянської влади; вона також "втягнула церкву в підготовку збройного повстання", оскільки багато її священиків були колись офіцерами Української армії, створеної урядом Петлюри.
Наведемо одне з повідомлень, які часто з'являлися тоді на сторінках радянської преси. "У селі Кисломут Ржищівської округи ДПУ викрило котрреволюційну організацію активних парафіян і куркулів, їхню діяльність спрямовували представники Української автокефальної церкви. Всіх керівників заарештували" (див.: "Вісті". 1930. 22–26 груд.).
На рівні парафій повідомлялося про арешт 2400 священиків. Із офіційних джерел відомо також, що в жовтні 1929 — лютому 1930 р. в полтавських тюрмах перебувало 28 українських священиків, п'ятьох із них було розстріляно, один збожеволів, а інших заслано до концентраційних таборів.
У 1934–1936 рр. останні залишки церковної діяльності було остаточно придушено. Всі митрополити УАПЦ, що заступали один одного, загинули в катівнях НКВС. Митрополита Липківського повторно заарештували, після чого він безслідно зник у лютому 1938 р. у віці 84 років. Митрополита Борецького заарештували в 1930 р. і посадили до "ізоляторної" тюрми в Ярославлі, а пізніше відправили до соловецького табору на Білому морі. В 1935 р. його повернуто до психіатричної тюрми в Ленінграді, де він і помер у 1935 чи в 1936 році. Митрополита Павлівського заарештували в травні 1936 р., і його подальша доля невідома.
Крім того, повідомлялося про смерть 13 архієпископів і єпископів у радянських в'язницях з 1928 по 1938 р. Загалом у таборах і тюрмах у той період загинуло 1150 священиків і понад 20 тис. парафіян та членів окружних церковних рад. З єпископів УАПЦ лише двом пощастило вижити. Один із них пізніше став митрополитом своєї церкви в США, другий — єпископом Чікагським.