По розгромі кадрів шевченкознавців ЦК партії вирішив знову підсилити цю ділянку новими кадрами фахівців. Це потрібно було в зв'язку з відзначенням у наступному, 1934 році, 120-х роковин з дня народження ї. Шевченка. Готувалось також відкриття пам'ятника Кобзареві в Харкові, видання 10-титомника його творів та низки праць і фільму про поета.
Праця Інституту проходила в умовах постійних небезпек: вічно когось арештовували, когось цькували, звільняли з праці, проте Ю. Бойко знайшов на тій праці багато корисного для себе. Тут було багато джерельної літератури, оригінали творів Шевченка, до яких наш науковець ставився як до святощів, редагування різних збірників, писання передмов. Тут же він написав свою працю Як працював М. Коцюбинський над першою частиною твору "Фата моргана". Уривок з цієї ж праці тоді ж надрукував у Літературній газеті, а повністю помістив у 1937-му році в харківському Літературному журналі.
У Києві Ю. Бойко знайомиться з П. Филиповичем та М. Зеровим. Але незабаром нашого молодого науковця роблять ворогом народу й позбавляють праці. Шукаючи виходу з ситуації, Ю. Бойко друкує свою статтю про Т. Шевченка в московському журналі Литературная учеба, який був під опікою Максима Горького. Це нібито реабілітувало нашого науковця: йому знову відкрилися можливості друкуватися в українських журналах. У 1941-му році акад. О. Білецький пише прихильну рецензію на кандидатську дисертацію Ю. Бойка про І. Франка, після чого його допускають до захисту дисертації на звання кандидата наук.
З приходом німців проф. Ю. Бойко попервах працює при відновленні Харківського університету, куди його зараховано в доценти. Також бере участь в редакції місцевої газети Нова Україна як редактор відділу літератури, науки й мистецтва.
У 1943-44 рр. опиняється в Західній Україні і в співпраці з поетом Ольжичем випускає книжку Шлях нації. На еміграції бере активну участь в культурній праці, очолює Всеукраїнський комітет відзначення 300-літньої боротьби України проти Москви (1954), співпрацює в газетах Українське слово, Свобода, Українські вісті, Наш клич, Новий шлях, Америка, Шлях перемоги, в журналах Орлик, Овид, Визвольний шлях, Самостійна Україна, Київ та багатьох інших.
У 1945-му році Ю. Бойко перший відновив на еміграції вивчення підрадянської проблематики. Одночасно занурюється в літературознавчу працю. З 1949-го року він уже проф. УВУ, потім стає деканом і кілька разів продеканом його філософського факультету. У 1965-66 рр. — ректор УВУ. Протягом 15 років проф. Юрій Бойко ніс тягар долі й недолі УВУ.
Його науковий вклад в історію української літератури є значний. Раз-у-раз він друкує нові праці, розвідки, виголошує наукові доповіді. Тож не даром саме він став професором у Людвіґ Максіміліанс університеті в Мюнхені, що є одним з найстаріших і найбільших університетів Німеччини. Працюючи там з 1962-го року, він став постійним професором славістики, здобувши диплом німецького професора. Варто згадати й те, що він донедавна мав кількох чужинців-докторан-тів з історії української літератури.
Та ось, як підсумок його невтомної наукової праці, починаючи з 1971-го року виходять його три томи літературознавчих праць. Перший том Вибраного, що вийшов у Мюнхені в Українському видавництві має 312 сторінок. Другий том вийшов у 1974-му р., має 370 сторінок. А третій том Вибраного щойно вийшов з друку в 1981-му році, має 403 сторінки. Хоч побіжно варто згадати про велику вартість цих томів.
У першому томі Виораного маємо 24 розвідки чи дослі-ження. Серед творчих сильветок окремих письменників чи поетів, як Гр. Косинка, Василь Барка, Микола Хвильовий, І. Дніпровський, Борис Антоненко-Давидович, поміщена й важлива праця про Молодий театр. Тут віддзеркалено період бурхливих часів 1917-1920 рр., коли іноді дуже тяжко було творити рідне мистецтво, але воно творилось. І автор, дослідивши цей малознаний період, аналізує успіхи й слабі сторони праці Молодого театру, робить огляд репертуару, характеризує діячів театру та їхні погляди на театральне мистецтво, показує боротьбу різних течій, напрямків і стилів, насвітлює зусилля піднести український театр до рівня європейського, відійшовши від старих віджилих форм. Тут автор використав багато першоджерельного матеріялу, не тільки на підставі власних спостережень, а більше використав джерела тодішньої нашої преси 1917-1919 рр., вислови діячів театру, публікації тощо.
Творчість інших письменників автор розглядає на тлі дійсносте 20-х років або пов'язує з іншими актуальними для того часу проблемами. Творчість Тараса Шевченка Ю. Бойко розглядає на тлі західноєвропейської літератури. У праці Бєлінський і українське національне відродження він дає фахову аналізу поглядів Бєлінського, його писань та боротьбу проти української мови й літератури, а також показує шовіністичне ставлення і зневагу до інших народів, показує імпе-ріялістичне обличчя цього великодержавника, що ніяк не схоже з тим трактуванням, яке дають Бєлінському літературознавці царських і теперішніх часів.
Ерудицію автора бачимо і в розвідках До проблеми Франкового романтизму, Діти чумацького шляху, Прапороносці О. Гончара, Франко — дослідник Шевченкової творчости та в низці інших.
Велику цінність становить і другий том Вибраного (1974). Суто науковий чи літературознавчий матеріял цього тому має 28 позицій. Проф. д-р Ю. Бойко великий ерудит в ділянці нашої мови, літератури, історії. Не маючи змоги охопити своїми томами Вибраного всього того, що не застарілося, автор, як видно, вирішив показати читачеві різні жанри своєї наукової праці. В одному випадку — це лише настроєвий есей (Радісно-болючі зустрічі), в іншому — дуже документальна пре-цизна розвідка (Камінний господар Лесі Українки) або перспективна стаття, яка намічає шляхи дальших дослідів літературознавства (Шевченкова річниця і завдання української науки).
Дальшу обізнаність і розмах ав гора бачимо в доповіді Духовий стан на Україні та наша емії рація, яку автор виголосив на 1-му Конгресі СКВУ і яку учасники Конгресу прийняли з великим ентузіязмом. У ній висловлений перший ґрунтовний синтетичний погляд на явище українського шестидесятництва.