Проти Сiчi, в устi рiчки Середня Хортиця, що впала в затоку з пiскуватими берегами, стояли за часiв Сагайдачного всi запорозькi вiйськовi чайки. Тут же вони лагодилися i навiть будувалися новi. Це стверджується тим, що на цьому мiсцi i зараз, коли веснянi води змивають пiски берега, з-пiд пiску виглядають на свiт Божий декiльки чорних, як вугiль, але мiцних, як залiзо, запорозьких чайок. Виглядають iнодi ребра чайок iз пiскiв устя рiчки Верхньої Хортицi, де тепер так звана Царська пристань.
Пробула Запорозька Сiч на Хортицi недовго, бо коли пiсля смертi Сагайдачного почалися вiйни козакiв з Польщею, запорожцi, опасуючись нападу полякiв на Хортицю, перейшли з Сiччю на краще захований серед Великого Лугу острiв Буцький, або Томакiвський.
Славнi походи Сагайдачного на туркiв та татарiв високо пiднесли славу козацтва. Чутка про запорозьких козакiв, що в'їдалися в саме серце бусурманського свiту — Стамбул, пiд той час як iншi народи Європи з їхнiми великими армiями й флотами не насмiлювалися вже про те й мрiяти, розiйшлися по всьому свiту, i спiлки з Вiйськом Запорозьким почали шукати не тiльки близькi сусiди України — Москва й Молдава, а й далекi — як iталiйцi, нiмцi й шведи. Та тiльки польський уряд дивився на ту козацьку славу лихим оком, бо, з одного боку, походи Сагайдачного на Чорне море дратували турецького султана i вiн, маючи Польщу за зверхника козакiв, погрожував королю Жигмонту вiйною, з другого ж, польськi пани й магнати, власники українських земель, вимагали од короля, щоб той вгамував козаччину, бо селяне, їхнi пiдданцi, пiд впливом козаччини не хотiли їм коритися i або бунтувалися, або тiкали на Запорожжя.
Король Жигмонт був запеклим ворогом українського народу взагалi, а козакiв, як оборонцiв українства i православної вiри, ненавидiв зокрема. Пiд впливом панських домагань вiн вислав на Україну комiсарiв разом з польським вiйськом, щоб зменшувати кiлькiсть козакiв i доводити українську люднiсть до покори панам. Тi комiсари вимагали од козацької старшини й Сагайдачного, щоб вони вирядили з вiйська всiх новоприбулих людей, щоб зменшити кiлькiсть козакiв до одної тисячi i щоб не смiли зачiпати туркiв. Щоб не доводити вiйни з Польщею, Сагайдачний дав обiцянку комiсарам, що пiдпише згоду на їхнi вимоги, та тiльки не на всi, а поїде просити короля про змiну деяких пунктiв умови, i таким способом одтягав справу, сподiваючись, що тим часом пiдскоче якась вiйна i козаки знову будуть потрiбнi Польщi, поки ж вiйна минеться, то забудуться й тi комiсарськi вимоги.
На цей раз воно справдi так i сталося. Року 1617-го королевич польський Володислав, домагаючись московської корони, пiшов на Москву з невеликим вiйськом i опинився там у скрутному становищi, бо й тi жовнiри, що були при ньому, не дiставши вчасно плати за службу, бунтувалися i навiть розходилися по домiвках. Треба було королевича рятувати, i король змушений був звернутись до Сагайдачного, щоб зiбрав якнайбiльше козакiв i йшов королевичу на помiч.
Маючи надiю, що за послугу козацтва польський уряд лишить козакам всi їхнi права, Сагайдачний охоче почав скликати козакiв i, зiбравши їх 20 000, лiтом року 1618-го повiв своє вiйсько пiд Москву, поруйнував по дорозi Путивль, Єлець, Лебедянь, Щацк, Коломну й iншi городи. Московське вiйсько намагалося заступити Сагайдачному шлях, та не спромоглося, i вiн, погромивши московських стрiльцiв, прнйшов пiд Тушино, де в облозi стояв королевич.
Визволенi з облоги поляки дуже радiли Сагайдачному, i Володислав прислав йому коштовнi дарунки, а вiйськовi козацькому подарував клейноди: булаву, корогву й бубни.
Другого ж дня пiсля сполучення з поляками Сагайдачний хотiв захопити Москву раптовим ночним нападом, але московцi, довiдавшись про майбутнiй штурм, спромоглися одбитись. Проте козацьке вiйсько так налякало московських боярiв, що вони скоро з королевичем замирилися, вiддавши Польщi Смоленщину й Сiверщину.
Повернувшись з, походу, Сагайдачний вирядив запорожцiв на Сiч, городових козакiв розпустив по домiвках, сам же поїхав у Київ клопотатись по просвiтним та релiгiйним справам. Це було його помилкою, бо коронний гетьман Жолкевський разом з королiвськими комiсарами скористувалися з того, що гетьман лишився без вiйська, i примусили його пiдписати згоду на те, щоб козакiв лишилося всього 3 000, а останнi повернулися б у пiдданцi до панiв.
Коли пiсля того Сагайдачний поїхав на Запорожжя, козацтво зустрiло його дуже неприхильно i хоч як шанувало його за славнi походи, а не подарувало того, що вiн пiдписав умову з поляками без волi вiйськової ради. Пiсля дорiкань Вiйсько Запорозьке скинуло Сагайдачного з гетьманства, а обрало Бородавку.
Сагайдачний не образився з того, бо такi змiни у козакiв були звичайним дiлом, i, передавши булаву Бородавцi, поїхав у Київ служити Українi тим шляхом, який мав найпевнiшим.
Пiд той саме час кiнчалася будiвля в Києвi на Подолi Братського монастиря i розпочиналася дiяльнiсть при тому монастирi школи. Попередня праця Плетенецького, Борецького й Сагайдачного не загинула даремно, — українське нацiональне життя почало прокидатись, i Сагайдачний взявся з своїми спiвробiтниками до дальнiшої боротьби проти латинства та спольщення українського народу.
Пiсля смертi православних владикiв — львiвського Балабана (1607 року) та перемиського Копистинського (1610 року) — король Жигмонт давав владицтва тiльки унiатам, i до 1619 року на всю Україну лишився тiльки один владика львiвський — Тисаровський, та й той добув владицтво тiльки через те, що обiцяв королю перейти на унiатство, та не додержав тiєї обiцянки. Зрозумiло, що коли на Українi були тiльки унiатськi владики, то боротися з латинством вже не було кому, i з того почався занепад православного церковного життя.
Прибувши в Київ, Сагайдачний з своїми спiльниками завзявся вiдновити на Українi православну єпархiю, i, почувши, що поуз Київ має вертатися в Туреччину патрiарх Теофан, вiн закликав патрiарха спинитись в Києвi до престольного свята Печерського монастиря i разом з iншими представниками православiя почав просити, щоб патрiарх посвятив для України митрополита i владикiв. Теофан довго не наважувався цього зробити, опасуючись помсти католикiв i короля Жигмонта, i тiльки пiсля того, як Сагайдачний, що хоч i не був пiд той час гетьманом Вiйська Запорозького, а все-таки держав пiд своєю рукою всiх українських городових козакiз, взяв на себе вiдповiдальнiсть за безпеку для патрiарха i обiцяв проводити його до Молдави з повком козакiв, патрiарх згодився задовольнити прохання українцiв i висвятив за осiнь та зиму 1620 року митрополита в Києвi i п'ятьох владикiв на українськi й бiлоруськi кафедри.