Мельхіседек перебрав управління монастирем і церковними справами України в той час, коли православ'я в ній ледь-ледь трималося навіть і в таких пунктах, де польський елемент був слабший, де свідомість народна була найміцніша, наприклад, на Смілянщині, Черкащині й Чигиринщині. Присвятивши себе цілком, до самозабуття порятунку православної віри й руської народності, він увесь віддався великій справі боротьби за відновлення людських прав рідного народу.
Серед братії Мотронинського монастиря було багато ченців і з Запорожжя, бо між чернецтвом і січовим братством існувала завжди велика спорідненість, і з Лівобережної України, куди після Прутського договору було переведене все козацтво, і з безправної маси селян. Усі вони і під рясою смирення й забуття мирської суєти ховали в своїх серцях почуття безмежної любові до змученої батьківщини й ненависті до її ворогів. Тому-то діяльність Мельхіседека знайшла у братії захоплений відгук і щиро прихилила всіх до свого архіпастиря. Найенергійнішим помічником Мельхіседека був намісник монастиря, що заступав ігумена під час його відсутності, заслужений ієромонах отець Єлпідифор. Незважаючи на сиву, мов крило голуба, бороду, серце його горіло молодечим вогнем і очі променились одвагою. Після намісника були особливо близькі до Мельхіседека — рідний брат його, архідиякон Аркадій, і особистий секретар його, молодий і здібний молдаванин Антон Дзегіль, який разом з тим завідував і монастирською аптекою. Мельхіседек, бувши взагалі на свій час різнобічне освіченою людиною, кохався і в медицині, так що й цим своїм знанням залучав іще багатьох стражденних до монастиря.
Глибоко обміркувавши план боротьби, боротьби безоружної, з незламним ворогом, Мельхіседек зрозумів, що тільки вірна юридична постановка справи, спокійне й тонке ведення її, при сильному зовнішньому заступництві, можуть урятувати Україну, а тому він спершу не дратував ворогів, присипляв їх мирними домаганнями й прагнув лише зміцнити зв'язок з Переяславською єпархією, а через неї і з найсвятішим синодом: тільки в єдиновірній Росії він бачив тихе пристановище й намагався усім серцем викликати в ній співчуття й жаль до своїх нещасних співвітчизників.
Нарешті, з призначенням Мельхіседека правителем українських церков, на Україні, після тривалого безправ'я й безладдя, з'являється перша офіційно визнана влада, заводиться конче потрібний церковно-адміністративний лад і відновлюється перерваний насильствами ворогів зв'язок її з Переяславським єпископством. Число тих, що прилучалися до Переяславської єпархії, почало поступово зростати, утруднену висвяту на сан священика полегшили молдаванські владики, рукополо-ження яких стверджував Гервасій; багато силоміць навернених в уніати почали знову переходити в православ'я. Мельхіседек скрізь поспішав на допомогу, підтримував дух православ'я, реставрував церкви, добивався прав на спорудження нових. Незважаючи на розумну тактику й обережність, він все-таки викликав підозру у ворогів і зустрів з їхнього боку люту відсіч. Спершу, в 1765 році, надійшла від уніатського митрополита Володкевича скарга на Мельхіседека єпископові Гервасію, а потім, у наступному році, Мельхіседек одержав від комісара Сонського заяву, що Мотронинський монастир буде повернуто в уніатський. То вже був одвертий виклик, який ігнорувати не було можливості, тим більше, що новий король Станіслав-Август ще не виявив своєї політики. Мельхіседек подався до Переяслава, а звідти до Петербурга шукати захисту православній церкві й православному людові. Колишній міністр іноземних справ граф Панін прийняв його вельми ласкаво, зблизив з синодом, і імператриця доручила князеві Рєпніну, послові при варшавському дворі, клопотатися перед королем про захист одновірців. Ці клопотання увінчалися успіхом: Мотронинський монастир поки що не зачепили, але розлючена шляхта почала домагатися знищення цього "царя схизматів" і переслідувала нещасних священиків і селян. Ці жорстокі переслідування, особливо після утворення конфедерацій, перетворилися на знущання й викликали потребу вдруге поїхати Мельхіседекові в Росію, звідки він тільки через три місяці міг повернутися до свого рідного монастиря.
З сердечною радістю вітала паства Мотронинського монастиря свого владику. Старший ієромонах, намісник отець Єлпідифор, зустрів архіпастиря з хрестом коло дверей храму, а ченці шпалерами стали од самої дзвіниці. Отець Мельхіседек вітався по-братерському з усіма і, ввійшовши в олтар, упав на коліна перед престолом і возніс теплу молитву до господа сил, щоб послав він ласку свою пригнобленому народу і заспокоєння облитій кров'ю землі. Усі присутні в церкві, і ченці, і прочани, упали ниць.
Після короткого молебня отець Мельхіседек оголосив усім у трапезній радісні вісті, передавши з благоговінням ласкаві слова цариці, які заронили світло і надію в занімілі від розпачу серця. Він розповів, що, крім подарованого йому набедреника й патериці, імператриця пожертвувала од щедрот своїх п'ятнадцять тисяч карбованців на підтримання старих і спорудження нових православних храмів, а Мотронинському монастирю пожертвувала ще багату ризницю. Коли до трапезної внесли й розклали на лавах царські дари, то пишнота й багатство церковних риз так вразили незвиклі до блиску очі убогої пастви, що в трапезній довго чути було тільки вигуки захвату, знадвору приходили все нові й нові юрби цікавих. Усі пожвавішали; погляди ченців, привчені до холодної байдужості, заіскрилися вогнем радості, замкнуті мовчанням уста відкрилися, й радісна звістка з трапезної перелетіла на монастирське дворище й за браму, а прочани рознесли її далі, по хуторах і селах, до братів, що знемагали в непосильній праці.
Не склав рук заради відпочинку і сам архіпастир, а зараз же після приїзду взявся за діяльну пропаганду. Почувши про його повернення, до нього почали приїжджати з навколишніх сіл священики й виборні від громад, прохаючи відновити в них православ'я або відібрати землі і майно, які в них захопили уніати й ксьондзи. На превелику радість Мельхіседека, незабаром прибув до нього з Печер наш знайомий Найда і зразу став близьким і енергійним його помічником. Чи підтримати дух пригніченого кровожерним насильством села, чи вселити надію в серця спокушених, чи надихнути на боротьбу знеможених, чи дати притулок і сховище тим, що не мають домівки, чи тим, які блукають по лісах, мов звірі, — скрізь архімандрит посилав Найду, і той виконував з великою ретельністю найменші його доручення.