Зруйнувавши Січ, Ібрагім, побоюючись здибатись із Сагайдачним на Дніпрі й надумавши повернутись до Очакова через Крим, поплив у Кінські Води, та біля Великого Лугу якраз і натрапив на запорожців, що верталися із Сагайдачним на Січ. Зчинилася кривава битва, яка скінчилася тим, що козаки оточили турків з усіх боків і винищили всіх до одного.
Наблизившись до Січі й побачивши, що вона зруйнована, Сагайдачний не захотів наново будуватися на Базавлуцькому острові, бо він був невеликий і щодалі дужче змивався Чортомликом. Січі там було так тісно, що під час великих негод Запорозьке товариство мусило переїздити на берег.
Сагайдачного й манило на більший простір та привілля... І от, за згодою товариства, він піднявся чайками угору до острова Хортиця й став кошем на руїнах городків славного гетьмана Байди-Вишневецького. Там, на старому Дніпрі, що розмежовує Хортицю й західний берег, біля Малої Хортиці, була добра затока, в якій стояли й зимували запорозькі військові чайки. На східному березі Дніпра проти голови Хортиці ріс гарний дубовий гай, у якому, певне, стояла хата Сагайдачного, бо та місцевість і досі зветься "Сагайдачне". Величезні скелі урочища "Сагайдачного" теж донедавна зберігали згадку про видатного козацького гетьмана, бо один із великих каменів, що лежав на Середній скелі й був схожий на турецьку софу, люди називали... "Ліжком Сагайдачного".
Пробула Запорозька Січ на Хортиці недовго, всього сім або вісім років, бо коли після смерті Сагайдачного почалися війни з Польщею і кількість Війська Запорозького зменшилась, воно перейшло із Січчю на стародавнє своє місце — на краще захований лиманами та плавнями острів Буцький або Томаківку.
Славні походи Сагайдачного на турків і татар високо піднесли славу козацтва. Чутка про запорожців, що в'їдалися в самісіньке серце бусурманського світу — Стамбул, тоді коли інші народи Європи з їхнїми військами і флотами не насмілювалися вже про те й гадати, полинула з краю в край, і спілки із козаками почали шукати не тільки близькі його сусіди — Москва й Молдова, а й далекі — італійці, німці й шведи. Та тільки й польський уряд дивився на ту запорозьку славу лихим оком, бо, з одного боку, походи Сагайдачного на Чорне море дратували турецького султана, й він, маючи Польщу за зверхника козаків, погрожував королю Жигмонту війною; з другого ж, польські пани й магнати, власники українських земель, вимагали од короля, щоб той вгамував козаччину, бо їхні селяни-кріпаки під впливом козаків не хотіли їм коритися й або бунтувалися, або втікали на Запорожжя. Король Жигмонт, захоплений розповсюдженням католицтва, і сам ненавидів козаків як оборонців православної віри й під впливом панських домагань вислав на Україну комісарів разом із польським військом, щоб вгамувати українську людність. Вони вимагали від козацької старшини й Сагайдачного вирядити з військом усіх новоприбулих людей і зменшити кількість козаків до однієї тисячі й заборонити їм зачіпати турків.
Щоб не доводити до війни з Польщею, Сагайдачний дав обіцянку комісарам, що підпише згоду на їхні вимоги, та тільки не на всі, й поїде просити короля про зміну деяких пунктів і, таким чином, одтягав справу, сподіваючись, що тим часом виникне якась війна й козаки знову будуть потрібні Польщі; поки війна минеться, то забудуться й ті комісарські вимоги.
На цей раз воно справді так і сталося. Року 1617-го королевич польський Владислав, домагаючись московської корони, пішов на Москву з невеликим військом й опинився в скрутному становищі. Його треба було врятувати, а польський сейм не хотів давати на війну грошей.
Через те король змушений був звернутися до Сагайдачного, щоб не тільки не зменшував козацтво, а, навпаки, збільшив його та повів би на підмогу королевичу.
Маючи надію, що за послугу козаків польський уряд залишить запорожцям усі їхні права, Сагайдачний охоче почав скликати козаків, зібравши їх до 20 000, і літом року 1618-го рушив під Москву, руйнуючи всі міста, які траплялися йому на дорозі. Прибувши під Москву і з'єднавшись із польським військом, Сагайдачний сприяв тому, що московський уряд згодився на деякі домагання поляків і змирився з королем.
Повернувшись із походу, Сагайдачний вирядив запорожців на Січ, городових козаків розпустив по домівках, сам же поїхав у Київ клопотатися за просвітні та релігійні справи. Це було його помилкою, бо коронний гетьман Жолкевський та королівські комісари скористалися з того, що він опинився без війська, й примусили його підписати угоду про те, щоб козаків лишалося всього 3000, а останні вернулися б у підданство до панів.
Коли після того Сагайдачний поїхав на Запорожжя, козацтво зустріло його дуже неприхильне, і, хоч як шанувало його за славні походи, але не подарувало того, що підписав угоду з поляками без волі військової ради. Після дорікань Військо Запорозьке скинуло Сагайдачного з гетьманства, а обрало замість нього Бородавку.
Сагайдачний не образився з того, бо такі зміни були, й, передавши булаву, поїхав у Київ служити Україні тим чином, який мав за найкращий.
На той час закінчили будівлю Братського монастиря на Подолі, та стала працювати при тому монастирі школа; Сагайдачний разом із Плетенецьким та Борецьким узявся до подальшої боротьби проти латинства та спольщення українського народу. На першу чергу він поставив відновлення на Україні православних владик. По смерті Балабана (1607) у Львові, Копистинського (1610) у Перемишлі король Жигмонт віддавав владицтва тільки уніатам, і до року 1619-го на всю Україну лишався тільки один православний владика Тисаровський, та й той здобув сан тільки через те, що обіцяв королеві прийняти унію, хоча й не зробив того.
Почувши, що через Україну має вертатися з Москви в Туреччину патріарх Теофан, Сагайдачний закликав його до Києва на престольне свято Печорського монастиря; разом з іншими православними діячами почав просити його, щоб висвятив для України митрополита і владик. Патріарх не наважувався того зробити, боячись помсти короля й католиків, та Сагайдачний, що держав під своєю рукою всіх городових козаків, узяв на себе відповідальність за безпеку для патріарха, й тоді Теофан висвятив за осінь та зиму 1620 року митрополита в Київ та п'ятьох владик на українські та білоруські кафедри. Дотримуючи свого слова, Сагайдачний з цілим полком козаків провів патріарха аж за річку Дністер.