Для України він залишив тільки один привілей, що виборов український народ: це стан козацтва. Брюховецький пішов і на ліквідацію української православної митрополії: погодився наставити в Києві митрополита, якого хотіла прислати Москва. Це викликало велике невдоволення серед українського духовенства. Ігумени монастирів погрожували зачинитися в своїх келіях і краще померти, аніж прийняти московського владику. Крім того, в Україну прибули московські урядовці, які розпочали тут перепис населення і поводили себе вкрай брутально, викликали велике невдоволення серед людей.
Зовнішньополітична діяльність Івана Брюховецького також була невдалою. Він не взяв ніякої участі в укладанні Андрусівської угоди між Польщею та Московією (1667). Україна ж за цією угодою знову юридично оформлялася поділеною по Дніпру на дві частини. Правобережна Україна остаточно закріплялась за Польщею, Лівобережна — за Московією. Київ лише на два роки залишався під владою Московської держави, але й після дворічного терміну цей статус зберігся. Запорозька Січ була поставлена в залежність від обох держав. Це призводило до численних неузгоджень і конфліктів між козаками і царськими урядовцями.
В Україні почало поширюватись невдоволення діяльністю Брюховецького. Ясно було, що він утратить булаву. Через те в 1668 р. він скликає старшин і заявляє, що бажає відійти від Московії і перейти під протекторат Туреччини, навіть послав до Стамбула своїх послів. Турецький султан погодився на цю пропозицію. Татари прийшли на підмогу — розпочалось повстання проти Москви. Проте це вже не врятувало авторитету гетьмана. Він позбувся булави і життя. Розгнівані козаки витягли його з намету та вбили.
У той же час гетьманом Правобережної України після Тетері був обраний Петро Дорошенко (1685–1676). Це був онук гетьмана Михайла Дорошенка і один зі сподвижників Богдана Хмельницького. Дорошенко проявив себе як найталановитіший гетьман епохи Руїни. Це був справді видатний державець, який намагався об’єднати під своєю булавою всю Україну. На його заклик козацька рада проголосила, що Україна не визнає над собою ні влади Польщі, ні влади Московського царства. У цій справі він також опирався на підтримку турецького султана. Дорошенка любили в народі, його підтримували маси козаків, селян, міщан. Отож, коли Дорошенко рушив на Лівобережну Україну проти військ Брюховецького, народ із радістю вітав його. В цей момент козаки Брюховецького збунтувалися й убили свого гетьмана–перевертня. Дорошенка проголосили гетьманом усієї України. Але його тріумф був короткочасним.
Справа полягала в тому, що і Польща, і Московія, і Туреччина намагались не допустити відродження в Подніпров’ї великої держави, яка через своє вигідне геополітичне розташування могла б відігравати серйозну роль в Європі. Через те уряди цих держав пильно стежили за перебігом подій, щоб протиставити кожному сильному гетьманові противагу, аби знесилити його. Тільки–но Дорошенко здобував успіхи на Лівобережжі, йому в тил били якісь ставленики цих держав із числа честолюбних, але політично сліпих козацьких провідників.
Проти Дорошенка почали наступ і московські, і польські війська, які він спочатку успішно громив у союзі з ординськими загонами біля Брацлава (1666), біля Підгайців (1667). Аж урешті напад кошового отамана Івана Сірка на перекопських татар не зруйнував цю перемогу: татари, яких розгромили січовики, пішли на союз з Польщею проти Дорошенка. Як тільки він зумів знову поліпшити справу, спираючись на турецький протекторат, проти нього виступив від запорожців новий претендент на гетьманство — Петро Суховій, якого підтримали й татари. Водночас з’явився ще один претендент на гетьманську булаву — уманський полковник Михайло Ханенко, за якого виступила Польща.
На Сіверщині Москва схвалила проголошення гетьманом Лівобережної України Дем’яна Многогрішного (1668–1672). Об’єднання України під булавою Дорошенка ніхто не хотів допустити — ні Польща, ні Росія, ні Кримське ханство. Многогрішний підписує нову угоду з московським урядом — так звані Глухівські статті, в яких, з одного боку, підтверджувались права і привілеї козацької старшини, а з іншого боку — за цими статтями в межі Лівобережної України вводилися нові загони царських військ, що утримувалися за рахунок українського населення. Скоро Многогрішний був звинувачений у зраді і засланий до Сибіру. Відтоді кістки українських козаків почали щедро встеляти сибірські мерзлоти.
1672 року розпочалась жорстока руйнівна війна між Польщею і Туреччиною за Україну. Вона закінчилася переговорами в місті Бучачі, за якими до Туреччини відходило Поділля і частина Галичини, а на іншій частині Правобережжя встановилась козацька держава на чолі з гетьманом Дорошенком під протекторатом Туреччини. Польща мала сплачувати Туреччині велику данину. Грабіжницьке панування турків на цій території та союз з ними Дорошенка дискредитували гетьмана в очах народу. Коли проти Дорошенка виступив новий гетьман Лівобережної України, прихильник Москви Іван Самойлович (1672–1687), до нього почали переходити правобережні козацькі полки. Самойловича було проголошено гетьманом "обох сторін Дніпра". Він успішно воював проти турецьких навал на Україну (1677–1678).
У 1676 р. Самойлович розгромив Дорошенка, повернув під свою булаву частину Правобережжя, встановив свій контроль над Запорозькою Січчю. Дорошенко, якого полонили козаки Самойловича, склав гетьманство, передав Москві козацькі клейноди і прийняв почесне заслання: царський уряд призначив його воєводою В’ятки, а потім надав йому під Москвою село Ярополче, де великий гетьман і помер, давши світові ще одну пам’ять свого роду: онуку у четвертому коліні Наталію, що стала дружиною і поетичною зіркою натхнення геніального Пушкіна.
Але й доля Самойловича виявилась нещасливою: це був талановитий полководець і державець, а тому він здавався небезпечним для Москви, Варшави і Стамбула. В 1687 році він був звинувачений у зраді Московському царству і засланий до Сибіру, де й помер.
А Україну–Руїну продовжували нищити. Російсько–турецька війна 1674–1681 рр. була завершена Бахчисарайським миром (1681). В 1686 р. була укладена угода між Польщею і Московією "вічний мир", за яким Правобережна Україна залишалась з Польщею, а Запорозька Січ була підпорядкована не гетьманові, а московському цареві. У цьому 1686 р. була знищена й Київська митрополія української православної церкви, що була підпорядкована московському патріархові, який став заміняти українських священиків на московських і зросійщувати українську церкву.