Уніати ще більше зруйнували Софію і занедбали Київ, Міщани київські в листі до гетьмана і Війська Запорозького в 1621 році писали: "Церкву Софійську як обідрав пан Садковський, то нагадати йому, аби накрив хоч соломою, жеби їй гнити не давав, олово обідрав і продав і трісками накрив умисно, аби се обалити, як і інші мури повалялися, маетностей церковних уживає, а церква, гниючи, пустует…"
Після уніатів у соборі жодних охендозтв не було, як книг, так і жодних аператів не знаходилося, тільки голий мур і вівтарі, руїнами завалені. Митрополит Петро Могила в чолобитній царю Михайлу Федоровичу в 1640–му повідомляв, що, відібравши "от волкохищных рук униатов церковь соборную премудрости Божия в Киеве в разрушенном виде, он по силе своей об устроении разоренных в ней зданий и внутреннем украшении и днем и ночию печалуется и труждается".
Тринадцять років одбудовував Петро Могила Софію. А був то такий час, коли православні священики в Києві з митрополитом своїм, сповідавшись, тільки й ждали, що ось почне шляхта начиняти ними шлунки дніпровських осетрів або ж того вогнем, того мечем відправлять на той світ.
Півроку не дожив Петро Могила до Жовтих Вод. Не знати, як би привітав він мої вікторії — адже був родич Вишневецького, походив з магнатського роду, ніколи не жалував ні козацтва, ні бідноти. Ми розминулися з ним за життя, але зустрітися мали в спільній справі великій визволення народу свого з темряви, невігластва й неписьменності. Скріпта ферунт аннос — письменністю світ стоїть.
Я поїхав на Поділ, щоб побачити засновану Могилою колегію, взяту колись козацтвом під свою оборону й опіку. Сказано про моє прибуття ректорові колегії, українському Арістотелеві — Інокентію Гізелю, він вийшов мені навстріч, вітав довго латинською мовою, я подякував і, попросивши паперу й приладдя для письма, одразу написав тези для диспуту про свободу і власноручно прибив їх до брами колегії. Викликав на диспут Адама Киселя, хоч і знав, що він далеко й прибути довго сюди не зможе, а коли й прибуде, то ще не знати, чи впустять його кияни в свій город, тому став дивитися, кого б з моїх козаків перевдягти в Киселя й поставити своїм опонентом. Одначе не було жодного козака такого вузькоплечого, як пан сенатор, тож я покликав свого Іванця Брюховецького і звелів йому опонувати супроти мене впрост тут на снігу перед брамою Могилянської колегії, при учнях і киянах, які зібралися на таке видовисько.
— Що ж казати? — питав Іванець, блукаючи своїми швидкими очима по лицях. — Що маю мовити, пане гетьмане?
— Кажи, що казав би на твоєму місці пан Кисіль, який не вельми жалує наш люд український, хоч і примилюється до нього всіляко.
Іванець прибрав поважності, пустив очі під лоб, мовив з тихою значущістю:
— Нарід не повинен бути вільним, поки не навчиться користатися з своєї свободи.
— Ага, — сказав я, — це схоже на того дурня, який вирішив не ступати в воду, поки не навчиться плавати. Коли б людям довелося ждати свободи, поки не стануть розумними й добрими в рабстві, їм довелося б ждати вічно. Навіщо знати чоловікові, що є смерть, коли ще не відає, що таке життя?
Тепер уже Іванцеві не треба було підказувати. Став мовби справжнім паном сенатором, набундючився й наіндичився, навіть плечі йому ніби округлилися і повужчали, а голова видовжилася.
— Пане Хмельницький, — взявся він мені докоряти, — блиск істини й свободи може засліпити, затуманити й потьмарити темний народ, напівосліплий в утисках рабства. Він кинеться руйнувати, палити, нищити і ніколи не зупиниться, вважаючи, що то і є справжня свобода, бо й хто ж його просвітить? Просвіщати ж слід поволі, терпляче і вміло.
— Як можна показати те, чого немає? — засміявся я. — Тисячі років може мріяти народ про свободу, а зустріне її — й не впізнає. Ніхто не зможе змалювати її заздалегідь, показати, яке в неї лице. Аріосто розповідає казку про одну фею, яка через таємниче закляття вимушена була являтися іноді у вигляді гидкої отруйної змії. Хто зневажав її в часи таких перетворень, назавжди позбувався її доброчинств. Тим же, хто жалів її й захищав, вона відкривалася згодом у своїй природності небесній, у прекрасній формі, ставала нерозлучною супутницею, виконувала всі забаганки, наповнювала доми багатством, робила щасливими в любові й переможними у війні. Свобода нагадує що фею. Іноді вона, як гадина повзуча, сичить, і кусає, і викликає омерзіння, але горе тим, хто наважиться роздавити її. І щасливі ті, хто прийме в страшному, відворотному вигляді, бо винагороджені будуть нею в пору її краси і слави.
У мого "Киселя" забракло аргументів, він тільки й спромігся, що промурмотів:
— Плоди свободи — мудрість, міра й милосердя. Як же допускаєш, гетьмане, насильства і розбишацтво?
— Несамовитість насильств залежить не від чиєїсь злої волі, а від утисків і принижень, з — під яких виривається народ. Можні пожинають те, що посіяли. Хто вимагав сліпої покірливості, зазнає тепер сліпої ярості, і нема ради.
За одностайним визнанням, я переміг у диспуті, мені було видано диплом про те, що залічений однині до вихованців Києво — Могилянської колегії, і учні відспівали на мою честь латинські гімни й похвальні вірші.
То був мовби подарунок на іменини, які припадали на день наступний, та справжній подарунок очікував мене на ранок від патріарха Паїсія в Софійському соборі.
Коли я прибув, мені зроблено овацію в соборі, дано перше місце, всі мене адорували, многі кидалися цілувати ноги, як збавителеві вітчизни й захиснику від кровожерів. Служив сам патріарх, сяючи золотом увесь і трьома панагіями в самоцвітах. Закликав він мене першим до причастя, я ж став відмовлятися, бо не готовився і не сповідався, маю багато гріхів на душі, та ще доведеться брати не один і не два, мовив і про свій гріх з Мотроною, однак патріарх владою своєю найсвятішою дав мені причастя без сповіді, з усього розгрішив і дав благословення на шлюб з Мотроною, хоч і абсенте105 та при живім чоловіку. І в той момент дано салют зі всіх гармат на знак, що збавитель і господар великий гетьман причащається. Над великими грішниками велика й молитва. В кого народ вселив свій дух, того він не покине, гриміння гармат розбивало тяжку мою тугу, з ним відлітала пагуба й недоля, в нім гучала моя судьба. Радуйся, діво, громами огримлена! Радуйся, личко шовковеє і золотеє! Душа проростає з болю, але з радості теж.