Та найстрашніші жорстокості чекали базіліян, які сховалися у своєму костьолі, і євреїв, які закрилися у синагозі. Тучапський, котрий якимось чудом врятувався від смерті, так описує напад гайдамаків на католицькі церкви: "Коли вже не було ніякого опору, гайдамаки кинулися, як скажені — одні в базіліянську, інші у приходську католицьку церкву. У цьому останньому один з отаманів забіг на амвон, і там, лаючи безсоромно присутніх дворян, насміхаючись над святими обрядами і літургією, богохульствуючи, знущаючись навіть з святих таїн, ікон та віри латинської, закричав своїм: "Ну-ж, братці, вбивайте!". І гайдамаки кинулись на самих поважних і шанованих людей. Настоятель церкви отець Вадовський був приколотий списами до олтаря. Дворян — одних роздягли догола і сокирами рубали, інших вбивали піками, ножами, дубинами. Сивоголових старців витягли за волосся, жінок (delikatne damy) прилюдно безчестили і вбивали. Дітей роздирали на шматки. Те саме відбувалося і в церкві базіліянській (kaplica ks. bazylianów). Поранивши рушничними пострілами отця ректора Костецького, коли він, пересилюючи свої муки, збирав і їв розкидані на землі для глуму святі дари (hostiae), піками добили і в канаву кинули. Інших базіліянських ченців, віце-ректора Яна Левицького, Ілію Магеровича, Єпіфанія Кахацького, Ліберія Очаського і Маєвського, витягнувши з церкви і роздягнувши, жорстоко били, вимагаючи, щоб вони показали приховане майно церкви і те, що дворяни дали їм на зберігання (obywatelskie depozyta). Та не знайшовши нічого у вказаному місці, бо до цього його вже пограбували інші, вони прив’язали цих ченців до великих жердин, били їх по голові, обличчю і всьому тілу (poplećach i bruchu) нагайками, древками від пік і палками, кололи їх, водячи під лайку навколо ратуші і вже напівмертвих віддали під варту у домі міщанина і войта Гната Багатого, де вже утримувались Младанович і Рогашевський. Але вигуки фанатиків вимагали їх вивести, і нещасних вдруге поволокли вулицями і біля православної церкви вбили, а після того кинули на глум черні.
Зауважимо, що цю сцену описує Тучапський, чернець базіліянського ордена, свідок цих вбивств, який чудом врятувався від смерті. Можливо, ці жорстокості зображені надто густими фарбами. Він каже навіть, що усіх цих ченців вивели з дому Гната Багатого на вулицю і мученицьки умертвили "на прохання православного священника св. михайлівської церкви", біля якої і кинули тіла базіліян. Але, по-перше, церкви св. Михаїла і не було в Умані, а православна церква була там в ім’я св. Миколая (св. Mikolaja). По-друге, Липоман каже, що базіліяни були взяті з-під варти і замучені на вулиці. Тучапський як ворог православ’я міг і сам вигадати цей наклеп на відому особу, а міг чути це від інших. Без сумніву, страта усіх почесних осіб Умані, взятих під арешт і утримання у домі міського войта Гната Багатого, де розташувалися квартирою Залізняк і Гонта, відбулася не без відома цих начальників повстання. Так, молодий Рогашевський таємно передав Вероніці Кребс, коли вона після хрещення була закрита разом з іншими у казарменій кордегардії, що її та його батьків прирекли на смерть у домі Гната Багатого, у квартирі Залізняка і Гонти і що тіла їхні там же й кинуті на вулиці. У цій же головній квартирі або штабі проводирів заколоту, без сумніву вийшов смертний вирок і базіліянським ченцям, і місіонерам, тільки ректор Костецький був забитий у костьолі, коли з’їдав святі дари. Про зрадника войта Гната Багатого народний переказ говорить, за свідченням Скальковського, що "перст божий" покарав його невдовзі по завершенні жорстокостей над мешканцями Умані: через два-три дні після головної різні в Умані, знаходячись на бенкеті з гайдамаками, він вмер у тяжких муках: його живіт лопнув і усі нутрощі вилізли назовні.
Ще більш страшні жорстокості звалилися на євреїв. В одній синагозі перерізали їх 3000 душ обох статей. Жахливо було бачити, говорить Тучапський, як вони плавали у власній крові без рук, без ніг, без вухів, голі, які самі просили, щоб їх добили, — і їх добивали поселяни з навколишніх сіл. Багатьох витягали з льохів, рвів та інших місць, де вони ховалися, і як стадо тварин зганяли в одне місце. Тут їх навіть жінки, заражені жорстокістю чоловіків, дрючками, ножами, лопатами, серпами різали і вбивали, навіть дітей своїх залучали до цієї кривавої справи.
П. Скальковський наводить уривок з сказання самих євреїв про уманські жорстокості. Сказання, написане очевидцем у вигляді поденних записів про напад гайдамаків на Умань, і при всій наївності та біблійській манері письма, не може не вражати очевидністю фактів, які підтверджуються іншими документами. Ось що каже єврей-самовидець про "третій день" уманських жорстокостей.
"Увійдіть до міста — всі мешканці оного, євреї та християни, волають і стогнуть, навіть іноземці, які шукали прихистку в Умані, падають під ножами вбивць. Такого жалісного та жахливого плачу не чутно було від творення світу. Тисячі євреїв були умертвлені, їх малолітні діти, пов’язані разом, кинуті купами на вулиці під ноги коней. Була в Умані одна дівиця незрівняної краси. Гайдамаки хотіли її згвалтувати силоміць, але вірні звичаям своєї країни, що не дозволяли вбивцям осквернятись стиканням з жидівкою, вони примушували її змінити віру, — а вона відповіла: "Мою душу передаю Богові, а з тілом робіть, що хочете". Вони наточили ніж на її очах і сказали: "Бачиш цей ніж? Якщо не будеш коритися нам, поріжемо тебе на шматки". Та вона відповідала з гордістю: "Підлі і нечисті люди, ви не примусите мене залишити віру батьків моїх, вбийте мене, робіть, що хочете". Вони зв’язали її і кинули у криницю, де вона й загинула. Усі жиди збіглися всередину своєї синагоги. Вороги наші, дізнавшись про це, кинулися за ними. Та євреї стали захищатися. Один з них, на ім’я Лейба, вихопив меч в одного розбійника і вбив двадцять ворогів. Інший, на ім’я Мозес Мохер, відчайдушно захищаючись, вбив їх тридцять. Врешті розбійники, бачучи неможливість увірватися в синагогу, привезли гармати і ядрами стріляли по ній. Тисячі євреїв загинули там, але вони стали мучениками за віру. Одна жінка, на ім’я Брейла, боючись, щоб по її смерті дітей не навернули до іншої віри — нещасна! — втопила їх у річці. Гонта, недолюдок — хай буде прокляте його ім’я! — прибувши до Умані, видав об’яву, щоб багаті єврейські купці, якщо забажають врятуватись від загибелі, принесли йому негайно значний викуп. Купці повірили і принесли оний в ратушу. Гонта гроші узяв, а нещасних, викинувши за віконце, позбавив життя. Уманський проповідник, бал-ааршол, з багатьма своїми браттями сховався у глибокому погребі і там проводили час у молитвах, прохаючи Бога врятувати їх від загибелі. Та щастя їм зрадило. Вороги знайшли і цей прихисток. Спочатку вони відрубали голову проповіднику на самому порозі підвалу, а потім і решті євреїв. Звідси вбивці пішли у молитовні будинки. Євреї негайно винесли звідти святе писання (п’ятикнижжя), наповнюючи повітря криками, воланнями і молитвами, але це не зупинило вбивць. Вони відняли священні сувої, потоптали їх ногами і тут же вбили цілі тисячі євреїв. Їх кров переливалась за поріг синагоги. Хто коли бачив такі криваві сцени? Незліченна кількість синів Ізраїля було заколото, як стадо овець, вони вмерли мучениками. Вбивці топтали немовлят на очах їхніх матерів, живих дітей наколювали на піки і носили з торжеством вулицями, ніби демонструючи свою перемогу. Трупи вони кидали за містом, не ховаючи їх і гнали туди собак і свиней".